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新聞資訊

    螺旋公眾號·陪伴你科研的第1716天

    一種“高顏值”的誤差表示方法。

    今天給大家分享一種好看的統計圖的繪制方法,圖1是PLOS Biology (影響因子9.163)2018年12月13日發表的一篇論文(doi.org/10.1371/journal.pbio.2006328 )中的統計圖,這種統計圖中間為均值、均值上下方的淺色為數據誤差:

    圖1

    圖2是使用GraphPad Prism 8.0繪制的同類型圖片,那么如何使用GraphPad Prism 8.0繪制上述誤差連線并填充顏色的統計圖(Error bars with fill area)呢?

    圖2

    //

    操作步驟

    //

    1.打開GraphPad Prism 8.0軟件,選擇XY,新建折線圖:

    輸入數據,每個點有兩個重復值:

    2.在Graphs選擇Data1選擇Points&connecting line with error bars,繪制Mean±SD,

    可以得到基本的折線圖:

    3.去除數據點,雙擊折線圖,進入Format Graph,首先去勾選Show symbols,不顯示數據點:

    圖片現在為:

    更改折現顏色,再次雙擊折線圖,進入Format Graph,在Show connecting line/curve下選擇均值連線為紅色,厚度為2 pt:

    目前折線圖更新為:

    連接誤差線,再次雙擊折線圖,進入Format Graph,選擇Show error bars由默認設置如下:

    更改為顏色為透明淺色,Style為在數據誤差處連線:

    目前折線圖更新為:

    填充誤差范圍,雙擊折線圖,進入Format Graph,選擇Show area fill,選擇顏色,選擇填充顏色位置為誤差連線之間的范圍Within error bands:

    最后所有設置匯總為:

    得到誤差連線并填充顏色的折線圖:

    以上是GraphPad Prism 8.0繪制誤差連線并填充顏色的統計圖基本步驟,值得注意的是數據為隨意輸入數據,不保證數據美觀。

    如果已知均值和誤差如何使用GraphPad Prism 8.0繪制誤差連線并填充顏色的統計圖?

    差別在于新建XY折線圖選擇

    ,即根據已知的均值與誤差繪制折線圖,輸入數據:

    后續步驟與前述方法一致:

    最終得到效果如下:

    今天給大家分享使用GraphPad Prism 8.0繪制誤差連線并填充顏色的統計圖就到此為止,希望對大家有所幫助!

    GraphPad Prism 8 系列

    點下“好看”,多根頭發

    實驗數據出來后,整理成圖表是關鍵,作圖軟件很多,比較專業的是Origin軟件,而大部分人用的比較多的就是EXCEL,但是EXCEL作圖不是很方便,對于學術圖表也不規范,不能形成數據圖表數據目錄以方便修改和整理,而且很多功能在一些圖表處理上,特別是發表SCI國際雜志論文其實是不完善、不嚴謹的,比如橫縱坐標的隔斷、實驗數據和圖表的目錄化整理、文檔輸出、圖表格式自動化修改等等。

    因為我一直用的是Graphpad Prsim8.0處理實驗數據,所以這里給大家簡單介紹這款常用的實驗作圖軟件,不過軟件功能太多,這里不做詳細說,大家感興趣可以去各大論壇去看相應詳細教程,這里只是介紹一個簡單的離子,就算拋磚引玉了。


    何為GraphPad Prism?

    Graphpad Prism 8是一款非常專業的科研醫學生物數據處理繪圖工具(圖1),該軟件專為科學研究而設計的分析和繪圖解決方案,讓實驗人員輕松地把數據轉換成優雅的出版品質圖表(圖2)。


    圖1,Graphpad Prism8界面


    圖2,效果圖舉例


    由于軟件功能特別多,這里就介紹一下軟件的下載安裝、常用數據輸入和圖表修改舉例、圖表外觀處理、圖片排版和輸出等一系列操作做一個簡單的介紹。

    軟件下載

    這個我想大家都會,目前網上很多軟件下載下來其實是不能用的,很多需要破解。百度搜索下載Graphpad Prism 8(醫學繪圖軟件)64位v8.0.0免費版。

    軟件安裝與破解:

    這個軟件包里基本帶有相應說明文檔。

    破解舉例:

    1. 雙擊InstallPrism8-64bit_8.0.2.263.msi安裝主程序,安裝完成后不要運行
    2. 將crack文件夾里的exe文件拷貝到軟件安裝目錄下進行替換
    3. 破解完成

    反正,軟件的下載和成功安裝是很簡單的事情,這里就不做詳細介紹,如果你在網絡安裝不成功,又想用這個軟件,可以私信我郵件,我可以把軟件包發給你。


    通過實例學習簡單的作圖過程

    這里就以最簡單最常見的柱狀圖為例吧。

    假設我現在有3組學生的體重數據,想比較3組學生的體重(kg)并作出柱狀圖,同時含有標準誤差,如何做?

    那么我們就命名第一組是“學生A”,第二組是“學生B”,第三組是“學生C”,每組各有10-15個學生。

    • 首先打開軟件,點擊左側圖表類型Colunm,點擊Enter and plot error values already calculate elsewhere,如圖3所示。


    圖3,柱狀圖制作軟件開始操作界面

    • 點擊右下角Create,開始輸入數據(表1),柱狀圖將自動生成


    表1,軟件數據輸入

    • 點擊軟件左側目錄的Graph下拉菜單,點擊身高比較,在界面點擊選擇合適的參數,那么我們可以發現,圖表已經自動開始生成示例了,包括誤差線,如圖4所示,確定圖表表現形式無誤后,點擊右下角OK,初始圖表就生成好了(圖5)。


    圖4,輸入各組數據后,身高比較柱狀圖自動生成界面


    圖5,初始柱狀圖

    圖表外觀修改

    初始柱狀圖,很不正規,坐標沒有標題,柱子沒有顏色,文字堆積不清楚、沒有顯著差異分析、標題錯誤需要修改等,最后我們要對生成的初始柱狀圖進行外觀修改,如加上坐標軸標題、各組顯著差異分析等,通過點擊YTitle和XTitle以及圖表標題,可以加上坐標標題,修改圖表標題,雙擊坐標軸、分組名稱或者柱子可以對線條粗細、字體大小、組別名稱角度、柱子顏色等等進行相應修改,這里大家自己可以摸索嘗試,反正每一個操作都會出來對話框,里面說的很清楚,總體來說外觀修改很簡單。(圖6)

    圖6,對柱狀圖進行外觀修改界面參數示例

    數據分析

    圖表外觀修改完成后,需要對數據進行分析,即顯著性差異分析,兩組之間是否有統計學差異,即我們所說的P值。

    方法:點擊界面上方Analyze,軟件可以對不同組數據進行自動顯著性分析,告訴你P值,如果有差異P<0.05,就通過菜單Draw功能在柱子之間加上相應的星號。(圖7)

    圖7,外觀和數據分析處理后的圖

    圖表排版

    因為我們知道,某個實驗的數據處理不一定是1張圖,可能是多張圖組合,這個軟件優點就體現出來了,就是支持在界面將若干圖表排版好,如4張圖,然后輸出成為一張完整的圖片。

    方法:點擊左側“Layouts”,就可以完成,如圖8-9所示。操作時,直接將“Graphs”菜單下的Data拖到對應位置即可。同時通過菜單“Write”下面的“T”,給每張圖表加上A,B,C,D...,同時鼠標移動圖表,使其變得緊湊和對齊。

    同時,圖8可以看到,軟件可以將不同的實驗數據(Data Tables)和相應的圖表(Graphs)羅列在左側數據欄,方便歸納雜亂的實驗數據,方便以后查找,同時直接點擊可以根據不同要求進行修改,很方便。

    圖8,圖表排版選擇界面

    下圖是,經過外觀修改和排版后的一個用來驗證某一個結果的不同側面實驗數據處理總圖。

    圖9,排版后圖表示例

    圖片輸出

    圖片輸出很簡單,注意幾個參數即可。

    點擊上方菜單“Export”,對話框中“File format”選擇TIF格式,因為我們最終要投稿印刷,DPI分辨率選擇1200,因為柱狀圖是現狀圖,為了保證打印清晰,分辨率選擇高點,尺寸自己決定,4張圖打印版面8CM就可以了,其他保存文件名稱和位置,這個自己決定。如圖10所示。

    圖10,圖片輸出參數選擇界面


    好了,先介紹這幾個比較常用的數據處理和作圖方法,這是實驗數據處理中最簡單的一個柱狀圖的步驟,另外還有坐標軸隔斷、組與組、死亡率、線圖、點狀圖等常用圖表制作,以后再一一介舉例紹。

    總之,最新版Prism8功能比EXCEL更加強大,具有增強的數據可視化和圖形自定義等功能,以及更直觀的導航功能和更復雜的統計分析功能。所以,此款軟件作圖還是不錯的。

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