dnaman最新版是一款功能非常強大的分子生物學(xué)綜合序列分析軟件。dnaman中文版可以讓您在進行復(fù)雜運算以及模擬DNA運行狀態(tài)的過程中擁有一個可以完美搭載您數(shù)據(jù)計算的平臺。dnaman官方版支持的分析類型非常豐富，包括蛋白質(zhì)分析、分子研究、引物分析、序列對比研究等模塊，讓您在研究生物實驗數(shù)據(jù)的時候更加方便。
安裝步驟
1、雙擊.exe文件進入DNAMAN安裝導(dǎo)向界面，點擊【Next】繼續(xù)安裝。
2、進入安裝協(xié)議界面，點擊【I accept the agreement】，然后點擊【next】。
3、選擇安裝位置，點擊【next】，軟件會默認安裝，或者您可以點擊【Browse】，彈出安裝位置界面，您可以自己選擇安裝位置，選擇完成后點擊【NEXT】。
4、準備安裝，您可以檢查一下軟件安裝位置是否正確，如果正確點擊【Install】
5、軟件正在安裝中，您需要耐心等待軟件安裝。
6、軟件安裝完成，點擊【finish】退出軟件安裝。
漢化教程
1、安裝完成后將漢化補丁復(fù)制到安裝目錄下替換源文件即可，一般默認安裝目錄為：C:Program Files (x86)DNAMAN。
2、雙擊_patch.exe，點擊【下一步】。
3、點擊【開始】就可以。
4、軟件會自動漢化，點擊確定就可了。
在做功能基因組學(xué)研究時，經(jīng)常會用到多序列比對，其主要用于描述一組序列之間的相似性關(guān)系，以便對一個基因家族的特征有一個簡明扼要的了解。前幾期小編推送的兩個分子生物學(xué)軟件都可以用于多序列比對，包括SnapGene和DNAMAN。但要說到最強大的多序列比對軟件，MEGA肯定是其中之一。因此本期小編就給大家簡單介紹MEGA的用法，并對這三款軟件的多序列比對功能做一個小結(jié)。
MEGA的全稱為Molecular Evolutionary Genetics Analysis，也就是專門用于分子進化遺傳分析的一款軟件。軟件是完全免費的，目前已更新到MEGA10，在官網(wǎng)就能直接下載安裝。下載時注意選擇軟件版本，包括Window/Mac/Linux三種，并根據(jù)電腦選擇32/64位版本下載安裝。網(wǎng)站也提供了詳細的說明文檔，在右上角菜單→【tutorial】→【walk through】目錄下，有關(guān)于MEGA的詳細操作說明。
MEGA10的界面如下，從工具欄我們也可以看到其強大的功能，如序列比對、進化分析、選擇分析等等。
2.1 用NCBI進行BLAST
MEGA支持的序列格式為FASTA，一般需要我們自己準備序列文件。通常做進化分析時我們會在NCBI中進行BLAST（對NCBI不熟悉的讀者請參考小編之前的推送（NCBI網(wǎng)站的小彩蛋），搜索目的序列在數(shù)據(jù)庫中的同源序列。這里以水稻的綠色革命基因SD1為例，先查詢其蛋白序列，粘貼到NCBI-BLAST網(wǎng)站相應(yīng)位置，選擇數(shù)據(jù)庫和物種后，點擊BLAST按鈕。
這里順便回顧一下BLAST的幾個注意事項：
(1) 考慮到密碼子的簡并性，BLAST通常優(yōu)先用蛋白序列比對，沒有蛋白序列的情況下再考慮用核酸序列比對，這樣能最大限度減少假陽性；
(2) 在比對時應(yīng)該注意合理選擇數(shù)據(jù)庫和物種信息，比如核酸序列比對時通常選擇Nucleotide collection數(shù)據(jù)庫，如果是人類或者小鼠的序列比對則直接選擇相應(yīng)物種的數(shù)據(jù)庫，而蛋白序列比對時通常選擇swisspot數(shù)據(jù)庫；
(3) 關(guān)于算法參數(shù)，一般用默認參數(shù)即可，但某些特定情況下需要修改參數(shù)，比如你需要比對的序列在生物中非常少見，默認的參數(shù)可能沒有結(jié)果，這時候可將期望閾值（Expect threshold）調(diào)整為100或者1000，可能會得到較多的比對結(jié)果。
BLAST的結(jié)果中其實有很多內(nèi)容，不僅包括具體的序列信息，還包括序列比對的圖形展示和進化樹。這里先不做進一步介紹，下載序列的方式如下圖所示，選擇FASTA (complete sequence) 。
2.3 序列比對
打開MEGA，單擊工具欄【ALIGN】→【File】→【Edit/Build Alignment】→【Creat a new Alignment】→【Protein】，在Alignment Explorer窗口直接將上述下載的序列粘貼進來。（注意下圖中的序列全是紅色表示都選中了，如果沒有選中序列可以按【Ctrl+A】）
單擊菜單【Alignment】→【Alignment by ClustalW】，調(diào)整參數(shù)（一般用默認參數(shù)即可）后點擊【OK】，即可完成序列比對。最后單擊菜單【Data】→【Save Session】→【MEGA Format】，保存序列比對的結(jié)果。
前面提到DNAMAN、SnapGene和MEGA都能做序列比對，各自有其優(yōu)劣，小編自己總結(jié)了3款軟件的優(yōu)勢和使用習(xí)慣，希望能對讀者有所幫助。
（1）DNAMAN的優(yōu)勢在于序列比對的結(jié)果圖形化顯示清晰，可直接用于文章圖片中；
（2）SnapGene的優(yōu)勢在于雙鏈顯示序列，而且可結(jié)合測序圖顯示，用于測序文件和參考序列的比對時非常方便；
（3）MEGA的優(yōu)勢在于進化分析，可用于成千上萬條序列的比對，并且有相應(yīng)的Linux版本，在大樣本的分析中有重要的應(yīng)用。