計算機病毒可以從不同的角度分類。若按其表現性質可分為良性的和惡性的。良性的危害性小, 不破壞系統和數據, 但大量占用系統開銷, 將使機器無法正常工作，陷于癱瘓。如國內出現的圓點病毒就是良性的。惡性病毒可能會毀壞數據文件, 也可能使計算機停止工作。若按激活的時間可分為定時的和隨機的。定時病毒僅在某一特定時間才發作, 而隨機病毒一般不是由時鐘來激活的。若按其入侵方式可分操作系統型病毒（ 圓點病毒和大麻病毒是典型的操作系統病毒）, 這種病毒具有很強的破壞力（用它自己的程序意圖加入或取代部分操作系統進行工作）, 可以導致整個系統的癱瘓；原碼病毒, 在程序被編譯之前插入到、C、或等語言編制的源程序里, 完成這一工作的病毒程序一般是在語言處理程序或連接程序中；外殼病毒, 常附在主程序的首尾, 對源程序不作更改, 這種病毒較常見, 易于編寫, 也易于發現, 一般測試可執行文件的大小即可知；入侵病毒, 侵入到主程序之中, 并替代主程序中部分不常用到的功能模塊或堆棧區, 這種病毒一般是針對某些特定程序而編寫的。若按其是否有傳染性又可分為不可傳染性和可傳染性病毒。不可傳染性病毒有可能比可傳染性病毒更具有危險性和難以預防。若按傳染方式可分磁盤引導區傳染的計算機病毒、操作系統傳染的計算機病毒和一般應用程序傳染的計算機病毒。若按其病毒攻擊的機種分類, 攻擊微型計算機的, 攻擊小型機的, 攻擊工作站的, 其中以攻擊微型計算機的病毒為多, 世界上出現的病毒幾乎90％是攻擊IBM PC機及其兼容機。