通過對(duì)進(jìn)行首選項(xiàng)配置和文檔設(shè)置，以適應(yīng)自己的使用習(xí)慣。在首選項(xiàng)中進(jìn)行更改的設(shè)置將應(yīng)用于所有文檔。在文檔設(shè)置中進(jìn)行的更改僅應(yīng)用于當(dāng)前文檔，并不會(huì)應(yīng)用于其他文檔。在對(duì)象設(shè)置中進(jìn)行的更改只應(yīng)用于選定對(duì)象。
3.1 設(shè)置首選項(xiàng)（ ）
首選項(xiàng)決定如何運(yùn)行，無論現(xiàn)在編輯的是什么文檔。
對(duì)首選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴打開對(duì)話框，依次點(diǎn)擊File>...。
打開首選項(xiàng)設(shè)置
⑵若要恢復(fù)默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)擊Use 。
恢復(fù)默認(rèn)設(shè)置3.1.1 主題選項(xiàng)（Theme ）
主題決定了用戶界面的外觀，但不影響使用功能。默認(rèn)情況下在下拉框中增加選項(xiàng)，用戶界面顯示為主題。主題擁有更大的圖標(biāo)，但是需要更大的屏幕來顯示。
更改主題，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>并選擇選項(xiàng)卡。
⑵在Theme下拉列表中選擇一個(gè)主題。
⑶點(diǎn)擊OK。
選擇的主題3.1.2 設(shè)置文檔保存位置（ ）
為打開的文檔設(shè)置默認(rèn)保存位置，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊選項(xiàng)卡。
⑶勾選Use 復(fù)選框，輸入或者選擇文檔保存位置。
設(shè)置文檔保存位置3.1.3 設(shè)置打開文件格式（ Open File ）
設(shè)置打開文件格式，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊Open/Save選項(xiàng)卡。
⑶在 Files勾選Use File 復(fù)選框，并選擇文件格式。
設(shè)置打開文件格式3.1.4 立體標(biāo)志設(shè)置（ for ）
使用手性立體化學(xué)標(biāo)志代替絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊/選項(xiàng)卡。
⑶勾選Show in place of Abs復(fù)選框。
切換絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志表示方式
以下圖為例。第一個(gè)圖形的標(biāo)志是絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志（Show in place of Abs選項(xiàng)沒有被勾選）。第二個(gè)圖形的標(biāo)志是手性立體化學(xué)標(biāo)志（Show in place of Abs選項(xiàng)被勾選）。
Show in place of Abs選項(xiàng)沒有被勾選
Show in place of Abs選項(xiàng)被勾選
對(duì)于MDL文件，對(duì)話框下面的/選項(xiàng)卡的Show When MDL Files選項(xiàng)需要手動(dòng)選擇。
當(dāng)打開MDL類型文件時(shí)，要顯示分子的立體化學(xué)標(biāo)志，勾選對(duì)話框下面的/選項(xiàng)卡Show When MDL Files選項(xiàng)。
在MDL格式文件中顯示立體化學(xué)標(biāo)志
當(dāng)保存SKC格式的文件時(shí)同時(shí)需要保存增強(qiáng)立體化學(xué)設(shè)置，勾選對(duì)話框下面的/選項(xiàng)卡的Use When to SKC File 選項(xiàng)。
在SKC文件中使用增強(qiáng)立體化學(xué)設(shè)置
勾選對(duì)話框下面的/選項(xiàng)卡的Hide 選項(xiàng)，來隱藏所有類型的絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志。
隱藏所有類型的絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志
當(dāng)Hide 選項(xiàng)被勾選上時(shí)，使用> > Mark as 來標(biāo)記分子中的絕對(duì)立體化學(xué)中心，或者使用來Query工具標(biāo)記分子的立體化學(xué)標(biāo)志，將會(huì)出現(xiàn)下面的警告框：
出現(xiàn)的警告框
點(diǎn)擊Yes來設(shè)置立體化學(xué)標(biāo)志，但是絕對(duì)立體化學(xué)標(biāo)志是隱藏的。
在MDL格式文件中隱藏增強(qiáng)立體化學(xué)標(biāo)志，勾選對(duì)話框下面的/選項(xiàng)卡的 ABS for MDL Files選項(xiàng)，然后保存MDL格式文件。再打開文件時(shí)，增強(qiáng)立體化學(xué)標(biāo)志將不再顯示。
在MDL格式文件中隱藏增強(qiáng)立體化學(xué)標(biāo)志3.1.5 設(shè)置默認(rèn)工具（ the Tool）
設(shè)置默認(rèn)工具，當(dāng)打開一個(gè)新的文檔時(shí)，這個(gè)工具處于選中狀態(tài)。
設(shè)置默認(rèn)工具，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>在下拉框中增加選項(xiàng)，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊Open/Save選項(xiàng)卡。
⑶在 Files下選擇一個(gè)工具。
打開文檔時(shí)達(dá)的默認(rèn)工具3.1.6 在文本框中創(chuàng)建新行和關(guān)閉文本框（New Lines and Text Boxes）
默認(rèn)情況下，按或者鍵可以在文本框中創(chuàng)建新行。按+鍵可以在原子標(biāo)記中創(chuàng)建新行。點(diǎn)擊文本框外部區(qū)域或者選擇其他工具可以關(guān)閉文本框的輸入。
如果要修改默認(rèn)設(shè)置，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>。
⑵在/選項(xiàng)卡上選擇適當(dāng)?shù)倪x項(xiàng)來更改默認(rèn)設(shè)置：
①Atom Label Text- + to new line in Atom
② Text- + to new line in
⑶點(diǎn)擊OK。
輸入文本換行的設(shè)置3.1.7 高亮顯示范圍（ Box ）
高亮顯示范圍（）決定了高亮框的大小，以及使用鼠標(biāo)可以選中對(duì)象的距離（例如，高亮顯示范圍設(shè)置為5磅，則鼠標(biāo)距離對(duì)象5磅時(shí)就可以選中對(duì)象）。高亮顯示范圍的默認(rèn)設(shè)置是5磅。在此設(shè)置下，只要鼠標(biāo)距離化學(xué)鍵小于或者等于5磅，則在化學(xué)鍵上出現(xiàn)高亮顯示框。
設(shè)置高亮顯示范圍，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>。
⑵在選項(xiàng)卡上輸入磅值，設(shè)置將對(duì)所有文檔起作用。
調(diào)整高亮顯示范圍3.1.8 項(xiàng)目文件夾（The Items ）
該文件夾包含首選項(xiàng)、快捷鍵、簡稱、同位素文件、化學(xué)腳本和通用簡稱文件。它同時(shí)還包含若干模板文檔。你可以創(chuàng)建多個(gè)項(xiàng)目文件夾。這對(duì)于維護(hù)個(gè)人文件（例如簡稱和標(biāo)準(zhǔn)模板）的非常有用。 項(xiàng)目文件夾儲(chǔ)存在以下位置：
在中， ，文件夾位于C:\\cs\\\ Items。
在中，項(xiàng)目文件夾與應(yīng)用程序文件夾相同，\\ 19.0.app\\\\ Items
添加一個(gè)新的項(xiàng)目文件夾，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊選項(xiàng)卡。
⑶點(diǎn)擊Add New，選擇一個(gè)文件位置，點(diǎn)擊OK，一個(gè)新的文件路徑被添加。
⑷點(diǎn)擊Move Up 和 Move Down，重新排列文件夾順序。
⑸如果要?jiǎng)h除一個(gè)文件路徑，點(diǎn)擊。刪除所有添加的路徑，點(diǎn)擊 Paths。
添加或者刪除 Items .1.9 默認(rèn)樣式（ ）
以樣式表的形式儲(chǔ)存樣式。當(dāng)運(yùn)行的時(shí)候，上一次使用的樣式表將作為默認(rèn)樣式。如果選擇了另一個(gè)樣式表，則這個(gè)樣式表將成為默認(rèn)樣式。
設(shè)置固定默認(rèn)樣式，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>，對(duì)話框打開。
⑵點(diǎn)擊Open/Save選項(xiàng)卡，選擇默認(rèn)樣式表。
⑶取消勾選New from Any Style Sheet 。
⑷點(diǎn)擊OK。
設(shè)置固定默認(rèn)樣式
如果要查看默認(rèn)樣式，依次點(diǎn)擊File菜單，New菜單后面顯示默認(rèn)樣式的名稱。
查看默認(rèn)樣式3.1.10 保存自定義樣式表（ ）
每個(gè)新建的文檔都使用樣式表作為其文檔設(shè)置。這些樣式表中還包含了一些對(duì)象設(shè)置。當(dāng)新建文檔的時(shí)候，實(shí)際上是以某個(gè)樣式表為基礎(chǔ)，新建了這個(gè)樣式表的無標(biāo)題副本（可以與Word中的模板對(duì)應(yīng)，然而模板有其他含義）。對(duì)新建文檔所做的任何更改都不會(huì)影響樣式表的設(shè)置。
你可以自定義一個(gè)樣式表，并將其儲(chǔ)存為CDS文件。如果你將這個(gè)CDS文件儲(chǔ)存在項(xiàng)目文件夾中，它將會(huì)出現(xiàn)在Open 菜單中（在File菜單下）。
將自定義文檔保存為樣式表，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File>Save As，Save As對(duì)話框打開。
⑵為文件命名并將格式改為.cds。
⑶點(diǎn)擊Save。
保存為自定義樣式表3.2 文檔和對(duì)象設(shè)置（ and ）
你可以對(duì)當(dāng)前文檔進(jìn)行文檔設(shè)置和對(duì)象設(shè)置。文檔設(shè)置只適用于當(dāng)前文檔，而不適用于其他文檔。對(duì)象設(shè)置只適用于選中對(duì)象。
這些設(shè)置包括：
繪圖設(shè)置（ ）：對(duì)繪圖選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置，例如對(duì)化學(xué)鍵設(shè)置為固定長度。
文本框和標(biāo)簽設(shè)置（ and label text ）：對(duì)文本選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置，例如設(shè)置原子標(biāo)記和文本框的字體。
顏色設(shè)置（Color ）：對(duì)對(duì)象的顏色和文檔背景進(jìn)行設(shè)置。
打印設(shè)置和頁面設(shè)置（Print/Page Setup）：對(duì)打印選項(xiàng)和頁面選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置，例如對(duì)頁面大小的設(shè)置和對(duì)頁眉頁腳的設(shè)置。
3.2.1 繪圖設(shè)置（ ）
繪圖設(shè)置將會(huì)影響化學(xué)鍵和其他對(duì)象的繪制。可以為整個(gè)文檔的圖形繪制進(jìn)行設(shè)置，或者選定對(duì)象的繪制進(jìn)行設(shè)置，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴對(duì)整個(gè)文檔的圖形繪制進(jìn)行設(shè)置，依次點(diǎn)擊File> ，選擇選項(xiàng)卡。
打開文檔設(shè)置對(duì)話框
⑵對(duì)于選定對(duì)象的繪制進(jìn)行設(shè)置，選擇 對(duì)話框。
打開對(duì)象設(shè)置對(duì)話框
繪圖設(shè)置僅適用于當(dāng)前文檔窗口，可以將配置好的繪圖設(shè)置保存在樣式表中。
為當(dāng)前文檔使用其他文檔的設(shè)置，依次點(diǎn)擊File>Apply 。
為當(dāng)前文檔使用其他文檔的設(shè)置
可以在 中的選項(xiàng)卡中進(jìn)行設(shè)置的有：
繪圖設(shè)置
固定鍵長（Fixed ）：使用指定的鍵長繪制化學(xué)鍵。使用Clean Up 命令時(shí)，也會(huì)適當(dāng)調(diào)整化學(xué)鍵的長度。
化學(xué)鍵間距（Bond ）：設(shè)置雙鍵或者三鍵之間的距離。化學(xué)鍵間距可以按照以下兩種形式進(jìn)行設(shè)置：
⑴鍵長的百分比（介于1%和100%之間），這樣可以設(shè)置為成比例的化學(xué)鍵間距。
按百分比設(shè)置化學(xué)鍵間距
⑵使用指定的絕對(duì)長度設(shè)置化學(xué)鍵間距，長度單位為文檔設(shè)置的單位。
加粗線條寬度（Bold Width）：對(duì)黑體鍵和楔形鍵使用的加粗線條進(jìn)行設(shè)置。加粗線條寬度必須大于線條寬度。楔形鍵末端寬度是加粗線條寬度的1.5倍。
線條寬度（Line Width）：設(shè)置圖形中所有化學(xué)鍵、線條和箭頭的寬度。
文本空白寬度（ Width）：設(shè)置原子標(biāo)記周圍的空白區(qū)域大小，防止原子標(biāo)記遮蓋連接的化學(xué)鍵。文本空白寬度也影響在化學(xué)鍵交叉位置，處于前面的化學(xué)鍵在交叉位置的空白區(qū)域的大小。
切割線間距（Hash ）：設(shè)置切割線之間的距離，這些切割線會(huì)應(yīng)用于切割鍵、楔形切割鍵、虛鍵、虛線箭頭和虛線曲線。
切割線間距
化學(xué)鍵角度（Chain Angle）：設(shè)置兩個(gè)化學(xué)鍵之間的角度（1°~179°），適用于 chain工具繪制的化學(xué)鍵或者使用Clean Up 命令調(diào)整過的化學(xué)鍵。
單位（Units）：為對(duì)象設(shè)置選擇合適的單位，單位有厘米（）、英寸（）、磅（）或派卡（picas）。
原子或者化學(xué)鍵標(biāo)志（Atom and Bond ）：設(shè)置需要顯示什么標(biāo)志。
3.2.2 末端碳原子標(biāo)記（ ）
默認(rèn)情況下，并不顯示末端碳原子標(biāo)記。
要顯示末端碳原子標(biāo)記，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File> 。
⑵選擇Atom 選項(xiàng)卡。
⑶選擇Show On 。
顯示末端碳原子3.2.3 配置對(duì)象（ ）
對(duì)選中的對(duì)象進(jìn)行繪圖設(shè)置，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴選中一個(gè)對(duì)象。
⑵依次點(diǎn)擊> 。
⑶對(duì)設(shè)置進(jìn)行配置并點(diǎn)擊OK。這些設(shè)置將只應(yīng)用于選中的對(duì)象。
3.2.4 分析和屬性（ and ）
你可以將基本結(jié)構(gòu)的屬性添加到繪制的圖形中，也可以按照需要重命名這些屬性。例如，可以將“ ”命名為“MW”來節(jié)約頁面空間。這些名稱的改變只會(huì)影響添加到圖形中的屬性內(nèi)容，而 and 對(duì)話框中的名稱并不會(huì)因此而受到改變。
更改屬性的名稱，請(qǐng)按照以下步驟：
⑴依次點(diǎn)擊File> 。
⑵選擇 選項(xiàng)卡。
⑶在窗口中，選擇一個(gè)需要重命名的屬性。
⑷點(diǎn)擊Edit Label，并在Edit Label文本框中輸入新的名字。點(diǎn)擊OK。
⑸對(duì)其他屬性標(biāo)簽重復(fù)步驟⑷。
⑹點(diǎn)擊OK。
重命名化學(xué)屬性